On peut sortir le nombre de dossiers dont la sérologie est positive:

nb_doss_vih<-SELECT COUNT(*) FROM Doss WHERE MediSero=1

On va calculer le nombre de patients à qui on a prescrit au moins une fois ce produit.
Il faut vérifier la désignation exacte de ce produit dans Paramètres > Listes > Pharmacie > Désignation. Normalement, la désignation précise est "sulfaméthoxazole + triméthoprime" (peu importe le dosage et la forme). Certains centres ont ajouté le produit "cotrimoxazole" ou "cotrim" voire "Bactrim". Dans ce cas, il faut indiquer cette désignation dans la ligne "set @cotrim=..." en respectant les accents, espaces, majuscules et minuscules.

set @cotrim=(SELECT Nume FROM Dci_ WHERE Desi="sulfaméthoxazole + triméthoprime")
nb_doss_cotrim<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (Med0Dci_=@cotrim OR Med1Dci_=@cotrim OR Med2Dci_=@cotrim OR Med3Dci_=@cotrim OR Med4Dci_=@cotrim OR Med5Dci_=@cotrim)

Oui, quand le médecin prescrit des médicaments IO, les 6 colonnes Med0Dci_ à Med5Dci_ contiennent la désignation des produits. Le cotrimoxazole peut se trouver dans l'une des colonnes.
A la 1ère ligne, je stocke l'identifiant de la désignation du cotrimoxazole dans le mot-clé "@cotrim", pour l'utiliser dans la suite du code. La table des désignations des produits est Dci_.

Si on veut compter les patients à qui on a prescrit du cotrimoxazole seulement dans les 12 derniers mois:

set @cotrim=(SELECT Nume FROM Dci_ WHERE Desi="sulfaméthoxazole + triméthoprime")
nb_doss_cotrim<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (Med0Dci_=@cotrim OR Med1Dci_=@cotrim OR Med2Dci_=@cotrim OR Med3Dci_=@cotrim OR Med4Dci_=@cotrim OR Med5Dci_=@cotrim) AND MediCons.Dat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR)

Comme pour les ARV (cf. formation 4), je propose de compter les dossiers dont une prescription (= ordonnance) de cotrimoxazole n'a pas été servie.
Quand on active Paramètres > Application > Délivrer uniquement sur prescription (et on peut cocher Autoriser la dizaine d'unité supérieure), les quantités délivrées (écran Dispensation) sont enregistrées à côté des quantités prescrites. On peut alors faire la comparaison dans les données.
J'ai ajouté une condition pour ne sortir que les prescriptions non servies des 12 derniers mois.

set @cotrim=(SELECT Nume FROM Dci_ WHERE Desi="sulfaméthoxazole + triméthoprime")
nb_doss_rupt_cotrim<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND ((Med0Dci_=@cotrim AND (Med0Serv IS NULL OR Med0Serv=0)) OR (Med1Dci_=@cotrim AND (Med1Serv IS NULL OR Med1Serv=0)) OR (Med2Dci_=@cotrim AND (Med2Serv IS NULL OR Med2Serv=0)) OR (Med3Dci_=@cotrim AND (Med3Serv IS NULL OR Med3Serv=0)) OR (Med4Dci_=@cotrim AND (Med4Serv IS NULL OR Med4Serv=0)) OR (Med5Dci_=@cotrim AND (Med5Serv IS NULL OR Med5Serv=0))) AND MediCons.Dat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR)

Remarque: comme pour les ruptures ARV, les délivrances partielles ne sont pas comptées comme des ruptures.

On a déjà traité la question des IO dans la formation 2. Je suggère de s'y reporter.
J'ajoute simplement que l'IO "Tuberculose pulmonaire dans l'année précédente" est la case n°14, et "Tuberculose extra-pulmonaire" est la case n°27.

nb_doss_tb<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (SUBSTR(ConcCase,14,1)=1 OR SUBSTR(ConcCase,27,1)=1) AND MediCons.Dat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR)

Exact, j'ajoute cette condition, déjà utilisée pour les dossiers éligibles à la prophylaxie cotrimoxazole:

nb_doss_vih_tb<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (SUBSTR(ConcCase,14,1)=1 OR SUBSTR(ConcCase,27,1)=1) AND MediCons.Dat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR) AND Doss.MediSero=1

Nous savons déjà filter les dossiers sous ARV avec la colonne Arv_Desi, voir la formation 4:

nb_doss_vih_tb_arv<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (SUBSTR(ConcCase,14,1)=1 OR SUBSTR(ConcCase,27,1)=1) AND MediCons.Dat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR) AND Doss.MediSero=1 AND Doss.Arv_Desi<>""

Pour le traitement antituberculeux, cela ressemble au cas du cotrimoxazole. Nous devons indiquer les désignations exactes des produits antituberculeux utilisés dans le centre. Dans l'exemple ci-dessous, je ne traite que de 2 produits.
Ajoutez les autres désignations (set @tb3=...) en respectant les accents, majuscules et minuscules, ainsi que les associations de molécules (voir Paramètres > Listes > Pharmacie > Désignation).

set @tb1=(SELECT Nume FROM Dci_ WHERE Desi="rifampicine")
set @tb2=(SELECT Nume FROM Dci_ WHERE Desi="éthambutol")
nb_doss_arv_antitb<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND Doss.Arv_Desi<>"" AND (Med0Dci_=@tb1 OR Med1Dci_=@tb1 OR Med2Dci_=@tb1 OR Med3Dci_=@tb1 OR Med4Dci_=@tb1 OR Med5Dci_=@tb1 OR Med0Dci_=@tb2 OR Med1Dci_=@tb2 OR Med2Dci_=@tb2 OR Med3Dci_=@tb2 OR Med4Dci_=@tb2 OR Med5Dci_=@tb2) AND MediCons.Dat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR)

La table PtmeGros contient les grossesses des patientes.

Pour le nombre de femmes VIH+ qui ont eu une grossesse dans les 12 derniers mois:

nb_doss_gros<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,PtmeGros WHERE Doss.Nume=PtmeGros.Doss AND Doss.MediSero=1 AND PtmeGros.SaisDat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR)

La colonne SaisDat_ est la date de saisie de la grossesse.

C'est simple, il suffit d'ajouter une condition sur cette colonne qui est Arv_Trai. Par exemple pour le protocole "AZT+NVP":

set @prot="AZT+NVP"
nb_doss_gros_prot<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,PtmeGros WHERE Doss.Nume=PtmeGros.Doss AND Doss.MediSero=1 AND PtmeGros.SaisDat_>DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 1 YEAR) AND PtmeGros.Arv_Trai=@prot

Nous avons déjà fait ces calculs pour l'ensemble des dossiers. On peut donc reprendre les même calculs et ajouter une condition sur l'âge, par exemple inférieur ou égal à 5 ans: AND Doss.RensAge_<=5.

Oui, c'est la table PtmeEnfaCons, mais si l'enfant est séropositif et suivi au centre, on lui ouvre un dossier comme à un adulte.

Oui, il y a différentes cases à cocher. Par exemple, pour l'accident d'exposition au sang (AES) dans le cadre professionnel, on peut utiliser la case "piqûre accidentelle".

Les noms des colonnes correspondantes aux cases sont:
MediRisqMult: Multipartenariat
MediRisqOcca: Partenaire occasionnel
MediRisqPoly: Polygamie
MediRisqPart: Partenaire VIH+
MediRisqHomo: Rapports homosexuels
MediRisqTran: Transfusion
MediRisqScar: Scarification
MediRisqPiqu: Piqûre accidentelle
MediRisqMere: Mère VIH+

Donc pour compter les dossiers avec la case "piqûre accidentelle" cochée:

nb_doss_piqu<-SELECT COUNT(*) FROM Doss WHERE MediRisqPiqu=1

On ajoute la condition habituelle du traitement ARV:

nb_doss_piqu_arv<-SELECT COUNT(*) FROM Doss WHERE MediRisqPiqu=1 AND Arv_Desi<>""

Voilà, c'est tout pour cette fois-ci,
merci de votre attention,
bonne continuation avec Santia !