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Survie sous ARV
Les indicateurs UNGASS comptent le nombre de patients vivants 6, 12 et 24 mois après le début du traitement. Comment calculer cela ?

Il faut d'abord trouver la date de début du traitement.
Une solution consisterait à chercher la consultation médicale où le médecin a sélectionné "Début" dans le champ Modification traitement ARV. Mais cette valeur n'est pas toujours bien renseignée par les utilisateurs.
Pour avoir un calcul plus fiable, nous allons tout simplement chercher si une consultation avec prescription d'ARV a eu lieu il y a plus de 6 mois chez les patients vivants.

nb_surv6<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (MediCons.Arv0Prsc<>"" OR MediCons.Arv1Prsc<>"" OR MediCons.Arv2Prsc<>"" OR MediCons.Arv3Prsc<>"") AND MediCons.Dat_<=DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 180 DAY)

Explications por favor ?

On sait chercher une information supplémentaire dans une autre table. Ici, à partir de la table des dossiers, on cherche les consultations médicales du dossier, avec Doss.Nume=MediCons.Doss.
La date de la consultation MediCons.Dat_ doit être antérieure à 6 mois. On a vu précédemment (perdus de vue) comment déduire (DATE_SUB) des jours (180 DAY) de la date courante (CURDATE).
On ajoute encore une condition: la consultation doit avoir donné lieu à une prescription d'ARV. Les colonnes Arv0Prsc à Arv3Prsc contiennent les molécules ARV prescrites. La prescription d'une seule molécule suffit (OR = ou).

Mais ce n'est pas terminé: on vérifie que le patient est sous ARV et qu'il n'est pas décédé. Je complète donc:

nb_surv6<-SELECT COUNT( DISTINCT Doss.Nume ) FROM Doss,MediCons WHERE Doss.Nume=MediCons.Doss AND (MediCons.Arv0Prsc<>"" OR MediCons.Arv1Prsc<>"" OR MediCons.Arv2Prsc<>"" OR MediCons.Arv3Prsc<>"") AND MediCons.Dat_<=DATE_SUB(CURDATE(),INTERVAL 180 DAY) AND Doss.Arv_Desi<>"" AND Doss.RensDeceDat_=0

Idem pour la survie à 12 et 24 mois, j'imagine.

Oui, on remplace simplement 180 par 360 (= 12 mois) ou 720 (= 24 mois).

On peut ajouter les habituelles conditions sur le sexe et l'âge (ici, filles de moins de 15 ans):

AND Doss.RensSexe=2 AND Doss.RensAge_<15

Note:
- On aurait pu se baser sur les dispensations pour déterminer le début du traitement, plutôt que les consultations. Mais certains centres ne gèrent pas de pharmacie ou peuvent ne pas délivrer à un moment donné.
- Le rapport d'activité (Analyse > Rapport d'activité) utilise la valeur "Début" du champ Modification traitement ARV.